Het college is bevoegd in het kader van de opmaak van het vergunningenregister en de actieve onderzoeksplicht (artikel 5.1.3 §§1 en 2, en artikel 7.6.2. §1, 5de en 6de lid van de Vlaamse Codex Ruimtelijke Ordening).
Op 30 maart 2012 (jaarnummer 3105) besliste het college tot opname van de "Gedempte Zuiderdokken" in het vergunningenregister, als vermoeden van vergunning. Deze beslissing werd aangevallen bij de Raad voor Vergunningsbetwistingen, die bij arrest van 29 januari 2013 voornoemde beslissing vernietigd heeft.
Op 8 februari 2013 (jaarnummer 1236) besliste het college om de opname in het vergunningenregister wegens vermoeden van vergunning van het middengedeelte van de Gedempte Zuiderdokken, zoals omschreven in het advies van de gemeentelijk stedenbouwkundig ambtenaar, goed te keuren.
Het collegebesluit van 8 februari 2013 (jaarnummer 1236), waarin het vermoeden van vergunning van het middengedeelte van de Gedempte Zuiderdokken werd goedgekeurd, omvat een motivering niet alleen over de constructies op de dokken, maar ook over het gebruik ervan als parking en evenementenplein, waarbij zich de vraag stelt of het vermoeden zich over dit gebruik/deze functies kan uitstrekken.
Bij de Raad voor Vergunningsbetwistingen werd daaromtrent een verzoekschrift ingediend tot schorsing- en vernietiging van dit besluit. De intrekking van dit besluit beoogt om hierover onduidelijkheid weg te nemen.
Volgens artikel 5.1.3 §2. van de Vlaamse Codex Ruimtelijke Ordening kunnen bestaande constructies waarvoor door enig rechtens toegelaten bewijsmiddel is aangetoond dat ze gebouwd werden in de periode vanaf 22 april 1962 tot de eerste inwerkingtreding van het gewestplan waarbinnen ze gelegen zijn, en waarvan het vergund karakter door de overheid niet is tegengesproken middels een proces-verbaal of een niet-anoniem bezwaarschrift, telkens binnen een termijn van vijf jaar na het optrekken of plaatsen van de contructies, worden opgenomen in het vergunningenregister als "geacht vergund".
Het college beslist zijn besluit van 8 februari 2013 (jaarnummer 01236) in te trekken en de opname in het vergunningenregister wegens vermoeden van vergunning van het middengedeelte van de Gedempte Zuiderdokken, zoals omschreven in het advies van de gemeentelijk stedenbouwkundig ambtenaar, te schrappen.